Il Museo è organizzato in 4 sezioni espositive su circa 900 mq: Geologia e Paleontologia, Paleolitico ed Arte preistorica, Neolitico ed Età di Metalli e, a chiudere, la sezione Etnografica dedicata alle etnie e all'arte dell'Africa sub-sahariana.
Dalle prime testimonianze di vita, risalenti al Cretaceo, i temi ricostruttivi del Salento e dei gruppi umani che vi si insediarono giungono ?no alle soglie dell' Età del Ferro, percorrendo più dí 65 milioni di anni, attraverso incredibili paesaggi perduti e mille storie inconsuete narrate da reperti spesso unici.
Dalle sue vetrine riaffiorano ambienti naturali, faunistici e umani diversissimi: dalla bariera corallina che orlava la costa sul lato adriatico circa 35 milioni di anni fa, agli ambienti di laguna interna ancora presenti nel Paleolitico medio; dalle faune calde ad ippopotamo, iena, rinoceronte che vissero insieme all' Uomo di Neandertal, a quelle glaciali provenienti dall’Artico e dal nord Europa, come un pinguino ormai estinto, l’Alca impennis, le gru islandiche, i colombi artici, la volpe polare e il Mammouth che vissero con I’Uomo Sapiens sapiens in ambienti di gelida steppa durante l'ultimo acme della glaciazione wurmiana.
Di quegli antichissimi uomini e dei loro insediamenti narrano i reperti osteologici e le industrie litiche, ossee e ceramiche, gli oggetti di arte, dal Paleolitico (circa 80-10 mila anni fa) alla fine dell' Età del Bronzo (3,5-2,9 mila anni fa), provenienti da tutto il territorio salentino.
Molti di essi sono testimoni di grotte ormai famose ne! mondo, come Grotta Romanelli, Grotta Zinzulusa, Grotta dei Cervi di Porto Badisco, e dei siti che l’uomo scelse a più riprese come luoghi privilegiati di abitazione, come Cattie ? San Sidero di Maglie, quelli del comprensorio di Otranto - Laghi Alimini o lungo la costa di Santa Maria di Leuca.
La sezione Etnografica, inaugurata il 18 luglio 2009, espone una rarissime e pregevole collezîone di arte africana che un fine letterato lucchese, Florio Santini, ha generosamente donato al Museo Civico di Maglie nel 2003, per il godimento di tutti.
Si tratta di circa 120 reperti in bronzo, argento, avorio, legno e pietra, attraverso cui si dipana la storia di grandi regni del passato e di etnie tribali in parte scomparse, artefici di importanti ed intense espressioni artistico-culturali che caratterizzarono, tra XV e XIX secolo, ampie regioni dell’Africa nera, dalla Guinea al Senegal, alla Nigeria, al Mali occidentale e ?no al Congo e alle regioni interne del Kenia.
La sezione apre un importante spiraglio sul complesso e articolato mondo delle etnie dell’Africa nera, ponendo, oggi, il Museo Cividi Maglie quale luogo privilegiato di incontro e dialogo interculturale sulle diverse forme e aspetti delle società umane.